Zur Gründung der Stadt Neunkirch gibt es keine Urkunden. Gesichert ist, dass Graf Eberhard II. von Waldburg, Bischof von Konstanz, die Vogtei Neunkirch im Jahr 1260 gekauft hat und am 20. Februar 1274 gestorben ist. Eine dendrologische Untersuchung datiert einen Balken in einem an die Stadtmauer angebauten Haus neben dem Obertorturm auf den Herbst/Winter 1262/1263.

Die Historiker sind sich einig in der Vermutung, es sei Graf Eberhard II. gewesen, der in dieser Zeit die Stadt Neunkirch gegründet hat. Unklar bleibt

•    wann genau die Stadt gegründet worden ist

•    warum sie an diesem Ort gegründet worden ist 

•    und warum sie so auffallend rechteckig ist.

Anstelle von Dokumenten hat uns der Gründer eine Stadt hinterlassen, die auch heute noch geometrisch so klar ist, dass man sie als «gebaute Urkunde» lesen kann: die 

Lage der Stadt und ihre Orientierung enthalten das Gründungsdatum, die Gestalt ist das Ergebnis einer rafinierten Stadtgeometrie im Goldenen Schnitt. 

Der Bischof gründet Neunkirch in der Zeit der Gotik, während der europäischen Stadt­grün­dungs­welle. In einer Zeit, in der die Überzeugung wächst, der menschliche Ver­stand könne die Schöpfung erkennen und dank der Mathematik ein Abbild der kosmischen Ordnung schaffen; in einer Zeit, in der das Leben gleichermassen bestimmt wird von der Hoffnung auf ein baldiges paradiesisches Zeitalter wie von der Angst vor dem Fegefeuer, und in der die reale und die virtuelle Welt innig verflochten und durch Symbole verbunden sind.

Er gründet Neunkirch an einem Ort, der keine wirtschaftlichen Standortvorteile verspricht, aber ideale Voraussetzungen bietet für eine Planstadt. Und er gründet die Stadt mit den neuesten, beim Bau der gotischen Kathedralen gewonnenen Pla­nungs- und Vermessungstechniken. 

Anhand von Dokumenten kann man schliessen, dass Graf Eberhard II. ums Jahr 1210 geboren worden ist. Sein Vater war Reichstruchsess am Hof des staufischen Kaisers Friedrich II. Im August 1248 wird er zum Bi­schof von Konstanz ge­wählt, dem gröss­ten Bistum nördlich der Alpen.

Er führt eine gewinnbringende Terri­torialpolitik durch.  So kauft er nebst anderen die Burg Küssaberg; zwei Höfe bei Neunkirch; Gottlieben, wo er eine Burg und einen Rheinübergang baut; nach 1248  gründet er die Stadt Bischofszell und 1269 kauft er Burg und Stadt Klingnau. 1260 kauft er von den Krenkingern für insgesamt 680 Mark Silber die Vogtei Neunkirch, das Meieramt und zwei Gutshöfe. Diese Investitionen haben sich gelohnt: dank den hohen Getreidezinsen  hat er In weniger als drei Jahren den Kaufpreis amortisiert.

Neben dem Ausweiten seiner Einflusssphäre durch den Kauf von Gütern und Städten unterstützt er auch den Bau neuer Kirchen und Klöster: ein Nonnenkloster und das Stift St. Johann in Konstanz; 1266 stiftet er einen Altar im Konstanzer Münster. Er fördert den Karlskult in Zürich und organisiert den Ablass für eine Gedenkfeier für Karl den Grossen. 

In der Mauritius-Kapelle im Münster in Konstanz lässt er um 1260 das Heilige Grab bauen. Es repräsentiert die Grabstelle Christi und weist bemerkenswerte Skulpturen auf. Die Steinmetzarbeiten werden mit Vorbildern aus der Bauhütte von Chartres in Verbindung gebracht. Das Heilige Grab in Konstanz wird also zur gleichen Zeit und

vom gleichen Bischof gebaut, der auch die Stadt Neunkirch gründet. Es ist gleichsam die «Schwester» der Stadt Neunkirch.

Eberhards Episkopat liegt in der Zeit des Inter­regnums. Er ist ein machtbewusster und umtriebiger Potentat und muss in dieser gefährlichen Zeit seinen Herrschaftsanspruch verteidigen. Mit der Stadt Konstanz liegt er über lange Zeit im Zwist und mit Abt Berchtold von Falkenstein vom Kloster St. Gallen führt er einen langjährigen Streit. Im Herbst 1251 kommt es zur offenen Fehde.

Im Frühling 1253 wird der Bischof vom Papst exkommuniziert. Der neue Papst Alexander IV. kann 1258 eine Einigung zwischen Bischof und Abt herbeiführen. Das Verhältnis entspannt sich, und gemeinsame politische Interessen führen zu einer Annäherung. Auch der Streit mit der Stadt Konstanz kann in der Folge geschlichtet wer­den. Bischof Eberhard von Konstanz und Abt Berchtold von St. Gallen werden die beiden mächtigsten Herren um den Bodensee. 

Nach dem Tod Friedrichs II. übernimmt er eine der Vormundschaften von Konradin, dem Enkel Friedrichs, und unterstützt ihn bei seinem Feldzug nach Süditalien. Konradin verliert dabei aber die Schlacht und sein Leben.

Am 1. Oktober 1273 wird Rudolf von Habsburg zum König des römisch-deutschen Reiches gewählt, damit endet das Interregnum. Am 25. Januar 1274 treffen sich Rudolf und Eberhard in Zürich. Kurz darauf, am 20. Februar 1274, stirbt Graf Eberhard II.

An dem von der Vordergasse anvisierten Horizontpunkt geht die Sonne im Frühjahr zwischen dem 31. März und dem 1. April und im Herbst zwischen dem 4. und dem 5. September auf. In den Jahren zwischen 1260 und 1273 im Frühling an sechs Freitagen und fünf Sonntagen. Davon ist einer ein Ostersonntag, der 31.3.1269, und zwei sind Palmsonntage, der 1.4.1263 und der 1.4.1268. Von den sechs Freitagen ist keiner ein Karfreitag. Im Herbst hat es keine beweglichen christlichen Feiertage, und um den 4. und 5. September finden sich keine christlichen Gedenktage, die mit der Stadtgründung in einer Beziehung stehen würden. 

Die Berechnung der Sonnenaufgangslinien zeigt: Am Palmsonntag, dem 1. April 1263 und am Ostersonntag, dem 31.März 1269 geht die Sonne genau in der Verlängerung der Vordergasse auf (Gregorianischer Kalender).

Es gibt mehrere Indizien dafür, dass die Stadt am Palmsonntag, dem 1. April 1263 auf den Sonnenaufgang ausgerichtet wurde und der Gründungsprozess dann begonnen hat. Das stärkste ist zweifellos das Ergebnis der dendrologischen Untersuchung aus dem Jahr 1988 an einem Balken in einem Haus beim Obertorturm, das direkt an die Stadtmauer angebaut ist; der Baum wurde im Herbst/Winter 1262/1263 gefällt. Es wäre sinnlos gewesen, das Holz bis 1269 sechs Jahre lang zu lagern, in einer Zeit, in der besonders viel Baumaterial benötigt wird.

Um 1300 gab es in Neunkirch 53 steuerpflichtige Bürger und 37 Hofstättenzins zahlende Häuser – das entspricht etwa 170 Einwohnern. Der Bau der Stadtmauer und der Türme muss also für die Bewohner ein grosser Arbeitsaufwand und eine finanzielle Belastung gewesen sein. Trotzdem gab es genügend Interessenten, die sich um ein Grundstück bemühten. Dazu wurde die Stadt in Hofstätten und diese in Hausplätze unterteilt, auf denen die Bewohner ihre Häuser bauten.

Mit 37 Häusern waren zu Beginn die Hofstätten nicht vollständig überbaut. Ein Teil wurde vermutlich als Garten und für das Kleinvieh genutzt.

Auf der Suche nach einer Hofstatt­ein­teilung fällt auf, dass Grundstücke mit gleichen Breiten (36 und 18 Fuss oder 24 und 12 Fuss) gehäuft vorkommen und sieben Grundstücke von 36 Fuss Breite in einem Raster liegen, der sich über die Gassen hinzieht.  Aus diesem, noch erkennbaren Raster kann als These ein Hofstättenplan abgeleitet werden.

Kaiser Friedrich II. baut zur Stärkung seiner Herrschaft in Italien wenige Jahrzehnte vor der Gründung Neunkirchs mehrere Kastelle. Beiden gemeinsam ist die Formensprache, das Ideal der absoluten, geschlossenen, geometrisch reinen und vollkommenen Form, die keine Veränderung duldet und keine Erweiterung mehr zulässt. Sie entspricht damit einem zeitgemässen Schönheitsideal, Friedrich realisiert es in seinen Kastellen, der Bischof in seiner Planstadt.

Neunkirch ist nicht die einzige Stadt mit einem geometrischen Grund­riss. Nach den Stadtgrün­dungen des Römischen Reiches entstehen in Europa immer wie­der Planstädte wie Villafranca di Verona, Castelfranco, Montapzier, Freudenstadt oder Neuf-Brisach. 

Weitaus am nächsten verwandt mit Neunkirch sind die «Terre nuove» genannten, von Florenz gegründeten, 

kleinen Städte in der Toskana. Obwohl sie im romanischen Kulturraum liegen, teilen sie mehrere Gemeinsamkeiten mit Neunkirch. Die geschlossene rechteckige Form, die Zweckbestimmung und die Lage der Städte, vor allem aber die symbolisch aufgeladene perfekte Geometrie sind wesensgleich. Hinter den sichtbaren Dingen leuchtet eine geistige Verwandtschaft auf.

Im Jahr 1285 beschloss die Regierung der Stadt Florenz ihr Territorium militärisch zu sichern und neue Handelszentren zu bilden. So entstanden dreissig bis fünfzig Kilometer um Florenz die «Terre nuove». Sie sollten, verkleinert, Florenz als Idealstadt darstellen, was Florenz selbst als gewachsene Stadt nicht mehr sein konnte und den Höhepunkt des zeitgenössischen Städtebaus markieren.